总督漕运公署为明清两代管理漕运事务的最高机构之一（清代称为总督漕运部院），公署的主要职能就是督察催促漕运事宜，管理南粮北调的筹运工作。总督漕运公署遗址在2002年8月旧城改造中被发现，同年被江苏省人民政府公布为省级文物保护单位，06年作为京杭大运河沿线上一个重要的文物点被国务院公布为全国重点文物保护单位。

 

中国漕运博物馆建筑采用我国明清时期江淮流域建筑的主流风格，典雅凝重、古朴大方，总建筑面积约8680平方米。地上两层，面积约1200平方米，包括门厅及游客中心等；负一层展区面积约6000平方米。它打破了传统陈列式博物馆模式，通过史料、文物、图版、多媒体互动等形式全面的展示了千年漕运的历史潮汐。《漕水转谷?千年载运》展览分为5个展区，包括序厅、漕运渊源（历史）厅、千年载运（运河）厅、漕政咽喉（淮安）厅与漕运遗韵（文物）厅。